Een CIA-operatie om geheime Russische documenten te kopen wordt mislukt door een rivaliserende agent, die vervolgens opduikt in het slaperige kustplaatsje waar Bourne en Marie hebben gewoond.Het paar rent voor hun leven en Bourne, die vergelding beloofde als iemand uit zijn vorige leven contact zou proberen op te nemen, wordt gedwongen zijn leven opnieuw op zich te nemen als een getrainde huurmoordenaar om te overleven.