Molly Mahoney is de onhandige en onzekere manager van Mr. Magorium's Wonder Emporium, de vreemdste, fantastischste en wonderbaarlijkste speelgoedwinkel ter wereld.Nadat meneer Magorium de winkel aan haar heeft nagelaten, begint een duistere en onheilspellende verandering het ooit zo opmerkelijke Emporium over te nemen.