In de laatste dagen van de Tweede Wereldoorlog proberen de nazi's zwarte magie te gebruiken om hun stervende zaak te steunen.De geallieerden vallen het kamp binnen waar de ceremonie plaatsvindt, maar niet voordat ze een babydemon hebben opgeroepen die wordt gered door de geallieerde troepen en "Hellboy" wordt genoemd.Zestig jaar later dient Hellboy de zaak van het goede in plaats van het kwade als agent bij het Bureau of Paranormal Research & Defense, samen met Abe Sapien - een meerman met paranormale krachten, en Liz Sherman - een vrouw met pyrokinese, die Amerika beschermt tegen duistere krachten.