In het jaar 2035 meldt veroordeelde James Cole zich met tegenzin aan om terug in de tijd te worden gestuurd om de oorsprong te ontdekken van een dodelijk virus dat bijna de hele wereldbevolking heeft weggevaagd en de overlevenden naar ondergrondse gemeenschappen heeft gedwongen.Maar wanneer Cole per ongeluk naar 1990 wordt gestuurd in plaats van naar 1996, wordt hij gearresteerd en opgesloten in een psychiatrisch ziekenhuis.Daar ontmoet hij psychiater Dr. Kathryn Railly en de zoon van een beroemde virusexpert die mogelijk de sleutel in handen heeft van het Leger van de 12 Apen;verantwoordelijk geacht voor het ontketenen van de dodelijke ziekte.