Vierhonderd jaar in de toekomst heeft ziekte het grootste deel van de wereldbevolking uitgeroeid, met uitzondering van één ommuurde stad, Bregna, die wordt geregeerd door een congres van wetenschappers.Wanneer Æon Flux, de topagent in de ondergrondse 'Monican'-opstand, op een missie wordt gestuurd om een ​​regeringsleider te vermoorden, ontdekt ze een wereld vol geheimen.